Ash ist wieder von dem Zauber erlöst: Er ist kein Pikachu mehr. Auf ihrem Weg nach Ebenholz City treffen die Freunde Krystal. Da Pikachu mit seinen Kräften am Ende ist, bietet sie unseren Freunden ihre Hilfe an und führt sie zu einem See, auf dessen Grund ein Kristall liegt. Dieser Kristall hat die Fähigkeit, alle Elektro-Pokemon, die geschwächt oder krank sind, zu heilen. Team Rocket stiehlt den Kristall. Doch mit Hilfe des legendären Pokémon Zapdos und mit Pikachus Unterstützung kann der Kristall Team Rocket entrissen und wieder an seinen alten Platz gebracht werden. Die Freunde versprechen, das Geheimnis des Kristall-Sees für sich zu behalten.