Ash und seine Freunde verirren sich im Wald und stoßen auf ein Pokémon-Forschungslabor von Team Rocket. Dort werden Radiowellen entwickelt, die die Weiterentwicklung von Pokémon beeinflussen sollen. Team Rocket will damit die größte und stärkste Pokémon-Armee der Welt entwickeln. Bisher gibt es nur ein Pokémon, bei dem der Versuch gelungen ist, ein Garados, allerdings mit kleinen Fehlern. Ash und den anderen ist klar, dass sie etwas dagegen unternehmen müssen, doch sie werden gefangen und eingesperrt, während Jessie, James und Mauzi sich den Kollegen vom Team Rocket anschließen und helfen, das Garados zu fangen. Wie werden sich unsere Freunde aus der Gefangenschaft befreien? Und wie wollen sie Team Rocket stoppen, bevor es zu spät ist?