Ash und seine Freunde kommen in der High-Tech-Stadt LaRousse City an, wo sie einen Jungen namens Tory treffen, der nach einem traumatischen Ereignis vor vier Jahren Angst vor Pokemon hat. Währenddessen erscheint ein Deoxys und errichtet eine Barriere um die Stadt, wodurch niemand aus der Stadt fliehen kann. Daraufhin erscheint ein Rayquaza, das dort in der Atmosphäre lebt, um es zu bekämpfen.