Niemand weiß wo er sich befindet, der Tempel des Meeres, der ständig in Bewegung ist durch die Ozeane der Pokemonwelt. Angeblich soll dort die sagenhafte Seekrone liegen, die unglaubliche Macht besitzt. Der Pirat Phantom stiehlt ein Ei eines Manaphys, das einzige Pokemon, dem es möglich ist, jenen Ort aufzuspüren. Jedoch werden seine Pläne jäh gestört, als Jack Walker, ein Pokemon Ranger, auftaucht.
Ash Ketchum und seine Freunde haben sich mal wieder auf einer ihrer Reisen verirrt und stolpern so in das Abenteuer um Manaphy und seine Rückkehr in den Tempel des Meeres.