Vor langer Zeit gewährte Arceus ein Fragment seiner unglaublichen Macht als Juwel des Lebens, um Michina in der Stunde der Not der Stadt zu helfen, nur um verraten zu werden, als es an der Zeit war, diese Macht zurückzugeben. Nach so vielen Jahren ist Arceus im Begriff zurückzukehren, um diese gestohlene Macht zurückzugewinnen - wütend, rachsüchtig und scheinbar unaufhaltsam!
Nicht einmal die kombinierte Macht von Dialga, Palkia und Giratina kann Arceus davon abhalten, alle Existenz in mehreren Dimensionen zu zerstören, aber Ash und seine Gefährten, die sich mit ihrer neuen Freundin Sheena zusammengeschlossen haben, haben möglicherweise den einzigen Weg gefunden, diesen alten Verrat zu erlösen. Ihre Reise wird sowohl gefährlich als auch ungewiss sein: Selbst wenn Ash und seine Freunde wieder ein altes Unrecht korrigieren können, wird es Zeit geben, das Juwel des Lebens zurückzugeben, bevor Arceus alles und jeden zerstört, den sie jemals gekannt haben?