Der Anführer von Team Rocket, Giovanni, hat Mewtwo auf einer abgeschiedenen Insel der Johto Region gefunden. Während Giovanni versucht Mewtwo wieder zurückzubekommen, werden Ash und seine Freunde von Domino, ein neues Team von Team Rocket, aufgehalten, die Versuchen, Pikachu von Jessie und von James zu retten, entführt. Die geklonten Pokemon werden auch gefangen genommen und werden dann als Köder für Mewtwo benutzt. Dann wird die Situation ernst. Eine Schlacht zwischen den Willen von Mewtwo und Giovanni; und Mewtwo versucht auch zu entdecken, welchen Zweck er in seinem Leben hat, obwohl sie Produkte der Wissenschaft sind. Wird alles glatt laufen, gibt es eine Entscheidung zwischen Givovanni und Mewtwo?