Eine Katastrophe bricht über Greenfield herein, als der Ort unter einem riesigen Teppich aus Kristallen verschwindet. Ash, Pikachu und ihre Freunde wollen versuchen, die einst so schöne Stadt von diesem Fluch zu befreien. Bei ihrem Eintreffen entführt das legendäre Pokémon Entei auch noch Ashs Mutter in die Kristallwelt. Ash macht sich auf zu ihrer Rettung, ohne zu wissen, was ihn erwartet: ein junges Mädchen, dessen Traumwelt sich in eine albtraumhafte Realität verwandelt hat. Und dahinter steckt das einflussreichste Pokémon, das jemals existiert hat - Icognito.