Der 10. Pokémonfilm spielt erstmals in der neuen Region namens Sinnoh, die man auch in den dazugehörenden Spielen bewundern konnte. Mit einem neuen Outfit, neuen Pokémon und einer neuen Begleiterin macht sich unser junger Pokémontrainer Ash aus Alabastia wieder auf, um neue Abenteuer zu erleben.
Der Film beginnt wie immer:
Ash und seine Freunde, machen sich auf dem Weg zu einer in den Bergen gelegenen Stadt, wo sich auch der weltberühmte »TimeSpace Tower« befindet. Doch der Frieden täuscht, denn dort kämpfen die drei legendären Pokémon Palkia, Dialga und Darkrai erbittert gegeneinander und es scheint auch kein Ende in Sicht zu sein. Um die Stadt vor der kompletten Vernichtung zu bewahren, müssen Ash und seine Freund mit Hilfe eines Wissenschaftlers die drei Pokémon wieder in ihre Zeit zurückschicken und den Kampf beenden.