Eine Mannschaft von Wissenschaftlern benutzen die DNA vom seltenen Pokémon Mew, um das stärkstes Pokemon der Welt, Mewtu, zu erschaffen. Dieser will allerdings nicht als Experiment verwendet werden. In seiner Wut zerstört er mit seinen Psycho-Attacken das Labor samt den Wissenschaftlern, die ihn erschufen. Mit Hilfe von Giovanni, dem Mann, der die Wissenschaftler finanzierte, lernt Mewtu seine Kraft zu kontrollieren. Es entdeckt aber, dass es wieder nur verwendet wird. So entscheidet sich Mewtu, seinen eigenen Zweck im Leben zu finden und lässt seine Wut an Menschen aus.
Ash Ketchum und eine Gruppe anderer Pokémon-Trainer werden von Mewtu zusammengerufen, um eine Schlacht mit ihm auszutragen, aber sie entdecken bald, dass sie nur eingeladen wurden, damit Mewtu ihre Pokémon für sich klonen und für seine Zwecke benutzen kann. Ash versucht nun, eine Weise zu finden, Mewtu zu stoppen, bevor Mewtu seinen Plan in die Tat umsetzt.
Wird es ihm und den anderen gelingen?