Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Zur gleichen Zeit als die ZAFT-Geschwader in den Kampf eingreifen, erhält die Archangel einen Notruf von Flay. Kira und der Calamity machen sich sofort auf um sie zu retten, werden aber kurz darauf aufgehalten.