Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Athrun wird nach einem Gespräch mit seinem Vater des Hochverrats beschuldigt und inhaftiert. Zur gleichen Zeit übernimmt ein Totgeglaubter das Kammando über die Eternal, dem Trägerschiff des Justice und des Freedoms.