Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Da Heliopolis zerstört ist, macht sich die Archangel auf den Weg zur einer Eurasischen Festung, der Artemis. Die Mannschaft erhofft sich dort Zuflucht zu finden. Doch die ZAFTs schneiden ihnen den Weg ab und ein neues Gefecht beginnt.