Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Cagallie und Athrun sind beide auf der einsamen Insel gestrandet und warten auf Rettung. Bei einem Zweikampf schiesst Cagalli Athrun in den Arm. Doch die beiden begreifen, dass ein Kampf nicht die einzige Möglichkeit ist, um einen Krieg zu beenden.