Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Kira und die Archangel machen sich auf den Weg zu Orb, wo sie von Lord Uzumi willkommen geheissen werden. Währendessen bekommen es die ZAFT Truppen bei einem Angriff auf Panama mit dem neuen Mobile Suit Typ der Erdallianz, dem Strike Dagger, zu tun.