Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Kira trifft wieder auf Cagalli, dem mysteriösen Mädchen dass er zum ersten mal in der Fabrik auf Heliopolis getroffen hat. Derweil startet Andrew Waltfeld einen neuen Angriff und zwar auf eine Stadt ganz in der Nähe …