Yu-Gi-Oh! Vrains spielt in Den City, einer Stadt in der Netzwerk-Systeme entwickelt werden. Auch der Firmenriese SOL Technology Co. hat seinen Sitz in der Stadt und nutzt die fortschrittliche Technologie, um sogenannte „Link Vrains“, ein virtueller Raum, zu konstruieren. Doch in diesem Raum erscheint…mehr anzeigen
Yuusaku ist im Duell gegen Onizuka gefangen. Derweil versucht Kusanagi eine Backdoor in SOL Technologies’ Programm zu bauen, die Yuusaku zur Flucht verhelfen soll. Doch kann er lange genug gegen Onizuka bestehen?