Yu-Gi-Oh! Vrains spielt in Den City, einer Stadt in der Netzwerk-Systeme entwickelt werden. Auch der Firmenriese SOL Technology Co. hat seinen Sitz in der Stadt und nutzt die fortschrittliche Technologie, um sogenannte „Link Vrains“, ein virtueller Raum, zu konstruieren. Doch in diesem Raum erscheint…mehr anzeigen
Dank Ghost Girls Informationen gelingt es Yuusaku und Kusangi in Erfahrung zu bringen, was es mit dem Turm Hanois auf sich hat. LINK VRAINS wird derweil ins Chaos gestürzt, während SOL Technologies komplett die Kontrolle darüber verliert.