Yu-Gi-Oh! Vrains spielt in Den City, einer Stadt in der Netzwerk-Systeme entwickelt werden. Auch der Firmenriese SOL Technology Co. hat seinen Sitz in der Stadt und nutzt die fortschrittliche Technologie, um sogenannte „Link Vrains“, ein virtueller Raum, zu konstruieren. Doch in diesem Raum erscheint…mehr anzeigen
Während Blue Angels Kampf sich zuspitzt, entdecken Yuusaku und Kusanagi ein ihnen bekanntes Gesicht auf dem Video eines Another-Vorfalls. Blue Angel gerät derweil in arge Bedrängnis. Kann sie das Blatt noch wenden?