Die Entschlüsselung von Marcohs Forschungsschriften führt die Brüder in das verlassene Forschungsinstitut Nr. 5, wo sie die Wahrheit hinter der Wahrheit zu finden gedenken. Während Edward bei einem Kampf Probleme bekommt, hat Al andere Schwierigkeiten: Sein Gegner behauptet, Al habe nie wirklich existiert und sei nur eine Puppe mit eingepflanzter Erinnerung, die für Edward hergestellt wurde.