Nachdem Mira zurückgekehrt und der Widerstand wieder vereint ist, machen sich Dan und die anderen auf den Weg zu Prinz Hydrons Himmelspalast, um Skyress, Tigrerra, Preyas, Gorem und Hydranoid aus der Gefangenschaft zu befreien. Doch bevor sie auch nur in die Nähe des Palastes kommen, aktiviert Hydron einen weiteren Dimensionskontroller, wodurch sich die Bakugan wieder in eine Kugelform verwandeln. Kurz entschlossen schnappt sich Shun Mira und Marucho und bringt sich mit ihnen auf das Dach eines Fahrstuhls in Sicherheit. Unten angekommen, werden Dan, Baron und Ace gerade noch rechtzeitig von ihren Bakugan gerettet. Doch bevor sie einen Weg zum Palast finden können, fordern Spectra und Cyber Helios sie zu einem Kampf heraus. Während Dan und Drago versuchen, sich gegen die Macht, die Helios nun besitzt, zu wehren, ist es Shun, Marucho und Mira gelungen, sich in Hydrons Thronsaal zu schleichen und die Bronzestatuen der fünf anderen Wächter-Bakugan zu entdecken, kurz bevor sie sich mit Prinz Hydron selbst konfrontiert sehen. In der Zwischenzeit fordern Mylene, Volt und Shadow Dr. Clay auf, ihnen die Flucht aus New Vestroia zu ermöglichen, da die Energie des Kampfes zwischen Cyber Helios und Drago alles um sie herum zerstören könnte. Dr. Clay weigert sich zunächst mit der Begründung, dass dies Verrat wäre, als Shadow ihn daran erinnert, dass er jetzt für die Vexos arbeitet. Gus belauscht ihren Plan, aber bevor er Spectra warnen kann, schlägt Lync ihm auf den Kopf und stößt ihn in einen Raum, in dem er Gus einsperrt, damit er Spectra nichts von ihrem Plan erzählen kann. Zurück bei Dan und Drago hat Spectra, der die Kraft des perfekten Kerns unterschätzt hat, den mechanischen Bakugan, den er besitzt, benutzt, um Maxus Helios zu erschaffen, einen Bakugan, der alle sechs Eigenschaften besitzt. Dan versucht, eine Kombination von Fähigkeitskarten zu verwenden, die die Kraft des Perfekten Kerns anzapfen, kann aber immer noch nicht mit Maxus Helios' Kraft mithalten. Dan erkennt, dass er keine andere Wahl hat, als den Bakugan zu benutzen, den er von seinem Kampf mit Mira erhalten hat, um Maxus Dragonoid zu machen, genauso wie Spectra die anderen sechs mechanischen Bakugan für Helios benutzt hat. Die beiden Bakugan stehen sich gegenüber und bereiten sich auf den letzten Kampf vor.
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25
Endgültiger Countdown
27. September 2009
Während der Kampf zwischen Maxus Drago und Maxus Helios weitergeht, unterbricht Mylene Hydron in seinem Sammlungsraum und zerrt ihn weg. Sie erklärt ihm, dass sie Neu-Vestroia verlassen werden. Hydron weigert sich zunächst, da er Angst hat, seinem Vater gegenüberzutreten, weil es ihm nicht gelungen ist, Neu-Vestroia erfolgreich zu besetzen, aber er stimmt Mylens Plan zu, Spectra als Verräter zu bezeichnen. In der Zwischenzeit versuchen Mira, Marucho und Shun, eine Maschine zu aktivieren, um den Prozess der Versteinerung von Preyas, Gorem, Tigrerra, Hydranoid und Skyress rückgängig zu machen, können aber den Zahlencode nicht ermitteln. Dan und Drago fliegen in die Lüfte, um gegen Spectra und Helios zu kämpfen, aber die Kraft, die von ihrem Kampf ausgeht, ist viel zu groß und sie stürzen in den Palast. Mylene bereitet ihre Abreise aus New Vestroia vor, aber nicht bevor sie Elico und Brontes hinausgeworfen hat, da sie glaubt, dass Bakugan mit Gefühlen nutzlose und unvollkommene Kampfmaschinen sind, da Dr. Clay bereits viele mächtige mechanische Bakugan erschaffen hat. Durch einen glücklichen Zufall entdeckt Elfin den Aktivierungscode, aber angesichts der laufenden Selbstzerstörung des Palastes ist es vielleicht schon zu spät.