Nachdem Ace und Marucho von den Vexos gefangen genommen wurden, beschließt Shun, allein nach Beta City zu gehen, um den Controller zu zerstören. Auf dem Weg dorthin gerät er in einen Hinterhalt von Shadow Probe, der mit Darkus Hydranoid bewaffnet ist! Mitten im Kampf stellen Shun und Ingram fest, dass es sich nicht um denselben Hydranoiden handelt, den sie kennen, sondern in Wirklichkeit um den mechanischen Bakugan Darkus Hades in Verkleidung. Darkus Hades wurde aus der DNA des Hydranoiden erschaffen und hat keine der Schwächen, die Altair hatte. Shun versucht sein Bestes, um seine Position zu halten, aber Ingram und Hylash sind Hades und der Bakugan-Falle Darkus Fortress nicht gewachsen. Shun denkt darüber nach, das Handtuch zu werfen, aus Angst, seinen Partner zu verlieren, so wie er Skyress in einem harten Kampf fast verloren hätte, aber Ingram überzeugt ihn vom Gegenteil und davon, dass er immer da sein wird. Shun wird von Shadow besiegt und fällt in Ohnmacht. Die Vexos, die nun den Rest des Widerstands gefangen genommen haben, planen, sie als Geiseln zu halten, während sie Dan und die anderen für immer auf der Erde festhalten und alle Bakugan an sich nehmen.