Im Innern von „Red Noah“ bedroht Gurgoile, Kapitän Nemo, Electra und Jean. Als Kapitän Nemo, Jean bittet, die willenlose Nadia und auch Neo zu erschießen, ist dieser unfähig, der Bitte nachzukommen. Nadia und Neo eröffnen ihrerseits das Feuer und verletzen Kapitän Nemo dabei schwer. Doch plötzlich geschieht ein Wunder: Neo erkennt seinen Vater und es gelingt ihm, Nadia zu befreien, was aber seinen Tod zur Folge hat. Nadia ist aus ihrer Willenlosigkeit erwacht und sie befindet sich wieder in Besitz des „Blue Water“. Als Gurgoile ihr den Stein abnehmen will, sie aber die Herausgabe standhaft verweigert, wird Jean von Gurgoile getötet. Die Rettung naht in Form der „Nautilus“ und Kapitän Nemo händigt Nadia seinen „Blue Water“ aus. Mit Hilfe dieses 2. Steines kann Nadia, Jean wieder zum Leben erwecken.
Die beiden Steine verlieren dadurch nicht nur für alle Ewigkeit ihre Wirkung, auch der schwer verletzte Kapitän Nemo ist jetzt schutzlos. Gurgoile indes setzt alles daran, die Rettung Jeans zu verhindern, er kann nicht glauben, dass Nadia somit auf ihre Macht verzichtet. Aber die Steine erstrahlen bereits, Nadia ist erfüllt von ihrem Licht und Gurgoile, der in die Lichtquelle eintreten will, löst sich in Salz auf, sein Körper zerbricht. Gurgoile war ein Mensch, er konnte in diesem Licht nicht überleben, dieses Privileg hatten nur die Wesen von Atlantis. Jean ist gerettet. Die „Red Noah“ stürzt in die Erdatmosphäre und droht, dort zu verglühen. Als Kapitän Nemo die „Nautilus“ starten will, merkt er, dass sie keine Energie mehr hat. Er stellt eine Verbindung zu „Red Noah“ her und bleibt zurück.
Dann gibt es eine riesige Explosion, in deren Folge die „Red Noah“ zerstört wird.
12 Jahre nach diesen Vorfällen erzählt Marie, was aus den Freunden geworden ist.