Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Nach seinem weniger als herzlichen Empfang von Dullindal und seinen neuen Gundams beschließt Dullindal, dass Athrun seine Ziele nur behindern wird. Mit Special Ops-Soldaten nach seinem Leben beschließt Athrun, ZAFT erneut zu verlassen.