Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Es ist jetzt CE 73 und drei der neuen Gundams von ZAFT wurden gestohlen. Während des Gundam-Jack treffen sich Cagalli, jetzt Orbs Staatsoberhaupt, und Athrun, jetzt ihr Leibwächter, mit Zafts neuem Chefhoncho.