Vor vielen Jahren fing ein Wissenschaftler an, seine Gene zu manipulieren und so wurde die Menschheit in zwei Lager gespalten. Auf der einen Seite die Coordinators, genmanipulierte Menschen, die auf Raumkolonien leben und auf der anderen Seite die Naturals, »normale« Menschen, die zunehmend die Coordinators…mehr anzeigen
Die Minerva und ArchAngel arbeiten daran, das Destroy Gundam und seinen zerstörerischen Amoklauf durch Europa zu stoppen. Shinn ist schockiert, als er erfährt, dass Stella die Pilotin der Einheit ist.