Während sich die Root Academy auf ein Kulturfestival vorbereitet, bei dem Kaito widerwillig an einem Crossdressing-Wettbewerb teilnimmt, willigt der Schulleiter Baron Kaidou ein, ein Kenja-Puzzle in der Akademie zu installieren. Gerade als Kaito sein Crossdress anzieht, erfährt er, dass Nonoha für das Kenja-Puzzle als Geisel genommen wurde, in dem er Äpfel von wahrsagenden Zwergen essen und dabei vergifteten ausweichen muss, bevor die Kulisse niederbrennt. Kaito erfährt bald von dem Geber, der ihm Orpheus gewährte, der heimlich der Studentenpräsident Souji Jikukawa ist, dass wichtige Informationen, die zur Lösung des Rätsels benötigt werden, absichtlich weggelassen wurden. Souji liefert die verbleibenden Informationen für das Rätsel, sodass Kaito es lösen und Nonoha befreien kann, bevor er Hilfe von Cubic erhält, um sie aus dem einstürzenden Gebiet zu retten.