Nachdem Baron gefunden hat, dass Jin ein komplettes Wrack ist, erklärt Baron Gammon, wie der Anführer von POG, Graf Pythagoras, beabsichtigt, einen Konflikt zwischen Kaito und Rook herbeizuführen, um das Tor zum Puzzle of God zu öffnen, während Kaito nachliest, was Cubic gefunden hat im POG-Netzwerk. Vor Jahren versuchte Pythagoras einmal, Phi Brain mit Jin zu erreichen, der einen Vertrag mit Orpheus abschloss und ein Löser für POG wurde. Eines Tages erhielt Jin jedoch eine Zukunftsvision, die zeigte, wie die Welt von Pythagoras zerstört wurde. Jin verließ POG, während Baron blieb, um ein Geber zu werden, und arbeitete zusammen, um einen Weg zu finden, Pythagoras daran zu hindern, die Schriftrollen des Gottes zu erreichen. Zwei Jahre vor der Geschichte ging Jin los, um im Puzzle of God gegen Pythagoras zu kämpfen, obwohl die Ergebnisse unbekannt sind. Als Kaito und die anderen Akten eine versteckte Datei im POG-Netzwerk entdecken, auf der steht: „Phythagoras ist tot“, erscheint Rook vor ihnen und enthüllt, dass er seit Pythagoras' Tod vor einem halben Jahr derjenige ist, der die POG kontrolliert. Als Rook sich als Orpheus-Auftragnehmer entpuppt, zeigt Kaitos Vision, dass er selbst derjenige ist, der angeblich für die Zerstörung der Welt verantwortlich ist.