80 Jahre sind seit den Ereignissen von Negima! vergangen. Tōta Konoe träumt davon eines Tages die Stadt, in der er lebt, auf der Suche nach Abenteuern zu verlassen. Doch seine Betreuerin Yukihime verbietet es ihm, bis er eines Tages die Wahrheit über seine Herkunft erfährt und seine Menschlichkeit aufgeben muss, um Yukihime vor einem gefährlichen Angreifer zu retten.