Unsere Freunde treiben auf Baumstämmen auf offener See, als plötzlich ein rotes Unterseeboot vor ihnen erscheint. Es gehört Team Magma. Maxie, der Führer von Team Magma erzählt ihnen, dass er den blauen Ball in seinem Besitz hat, der ihm erlaubt, Groudon zu kontrollieren. Leider hätten sie aber gegenwärtig das Ur-Pokémon Kyogre in ihrem Besitz.