Im April, Yu Narukamikommt in Inaba an, wo er aufgrund der Arbeit seiner Eltern ein Jahr bleiben wird, und trifft kurz auf ein mysteriös aussehendes Mädchen, bevor er sich mit seinem Onkel und Cousin Ryotaro und Nanako Dojima trifft. Als Yu auf dem Weg zur Dojima-Residenz an einer Tankstelle anhält, verspürt Yu ein seltsames Gefühl, nachdem er dem Tankwart die Hand geschüttelt hat, gibt es aber als Müdigkeit aus. Nachdem er in die Yasoinaba High School gewechselt ist und sich mit seinen Klassenkameraden Yosuke Hanamura, ChieFAQnaka und Yukiko Amagi angefreundet hat, erfährt Yu von einem Gerücht über den "Midnight Channel", der in regnerischen Nächten auf Fernsehgeräten erscheint, und beschließt, es selbst auszuprobieren. Als Yu feststellt, dass der Kanal echt ist und ein Mädchen in Gefahr zeigt, hört er eine Stimme in seinem Kopf und entdeckt, dass er seine Hand in den Fernsehbildschirm stecken kann. Am nächsten Tag, Yu beweist Yosuke und Chie, was er erlebt hat, als sie alle in einen Großbildfernseher im Junes-Supermarkt fallen, den Yosukes Vater besitzt, und in einer seltsamen Welt enden, die in Nebel gehüllt ist. Auf der Suche nach einem Ausweg jagt Yu einer silhouettierten Gestalt hinterher und findet einen Raum voller Blut und aufgeschlitzter Plakate. Dort treffen sie auf eine bärenähnliche Kreatur namens Teddie, die der Gruppe sagt, dass sie gehen soll, und gibt Yu eine Brille, die es ihm ermöglicht, durch den Nebel zu sehen. Als die Gruppe plötzlich von Monstern namens Shadows umgeben ist, hört Yu die Stimme erneut und schafft es, eine "Persona" namens Izanagi herbeizurufen, die ihre Macht nutzt, um alle angreifenden Shadows zu besiegen. Ein paar Tage später, als Yu in den mysteriösen Velvet Room gebracht wird, wo eine seiner Bewohner, Margaret, ihm das Mädchen vorstellt, das er zuvor kennengelernt hat, Marie, Er bittet ihn, sie in die Außenwelt zu bringen, um ihr zu helfen, ihre verlorenen Erinnerungen wiederzuerlangen. Yu bringt Marie auf die Spitze eines Hügels, wo sie ein Gefühl der Nostalgie verspürt und sich verlegen fühlt, nachdem sie eines ihrer Gedichte herausplatzt.