Inmitten der anhaltenden Proteste der Bürger der Marskolonie Chryse, die die Unabhängigkeit von der Erdregierung fordern, wird die Chryse Guard Security beauftragt, Prinzessin Kudelia Aina Bernstein auf ihrer diplomatischen Mission zu schützen. Als das CGS-Hauptquartier plötzlich von Gjallarhorn-Truppen angegriffen wird, schlägt die dritte Armeedivision, die gerade von ihren Vorgesetzten im Stich gelassen wurde, mit dem uralten Gundam Barbatos, gesteuert von Mikazuki Augus, zurück.