Kotan Kanji, ein Flüchtling, der das Energieministerium erpresst haben soll, wird ermordet aufgefunden. Während die restlichen Mitglieder von Sektion 9 mit dem Schutz der Premierministerin beschäftigt sind, folgt Togusa der Spur des Toten in das im Krieg weitgehend zerstörte Tokio. Dort begegnet er Ruriko Asagi, der Verlobten des Toten, die ebenfalls Nachforschungen über dessen Schicksal anstellt. Die beiden finden heraus, dass Kotan an der Ausgrabung eines Relikts aus der Vorkriegszeit im Bezirk Shinjuku mitgearbeitet hat. Als sie in die mittlerweile vom Militär abgeschirmte Ausgrabungsstelle eindringen, erkennt Togusa, dass es sich dabei in Wahrheit um eine ehemalige Atomanlage handelt, die nach einem Unfall radioaktiv verseucht ist. Nachdem die beiden entdeckt werden, fliehen sie aus dem Komplex. Sektion 9 beginnt eine formelle Untersuchung, um die Hintermänner der Ausgrabung ausfindig zu machen.