Premierministerin Kayabuki wird wegen der Anforderung der UN-Inspektoren des Amtes enthoben und unter Arrest gestellt. Auch Aramaki, Togusa und Proto werden in Gewahrsam genommen. Mehrere Jigabachi-Kampfhubschrauber werden nach Dejima entsandt und greifen die Flüchtlinge an, als diese auf sie feuern. Bei der Ankunft auf Dejima wird auch das Einsatzeam von Sektion 9 von einem Jigabachi angegriffen; Major Kusanagi wird dabei von den Anderen getrennt. Eine von Gouda geschickte Spezialeinheit der Ranger von Sektion 4 greift das Team als angebliche Deserteure an, die Plutonium gestohlen haben sollen. Kuze und seinen Kameraden gelingt es, mit Boden-Luft-Raketen das Flugzeug mit dem Störsender zu zerstören. Zur gleichen Zeit entdecken die Tachikomas per Satellit ein amerikanisches Atom-U-Boot vor Okinawa, das offenbar plant, Dejima auf die geheime Bitte der japanischen Regierung hin mit einer Atomrakete zu beschießen.