Die Flüchtlinge auf Dejima haben sich gegenüber Japan für unabhängig erklärt und sich Waffen besorgt. Das Einsatzteam von Sektion 9 landet auf der Insel, die von der Polizei abgeriegelt wurde, um Hideo Kuze festzunehmen und so möglicherweise die Lage zu entspannen. Während ein Teil des Teams das Flüchtlingslager auskundschaftet, versucht der Major in Kuzes Cyberbrain einzudringen und seinen Aufenthaltsort zu bestimmen, stößt dabei aber auf unerwartete Probleme und wird kurzzeitig außer Gefecht gesetzt. Gemeinsam stößt das Einsatzteam zu Kuzes vermeintlichem Aufenthaltsort vor, einem getarnten Hafen im Nordosten der Insel. Dort geraten sie in einen Hinterhalt und Yano, eines der neuen Mitglieder von Sektion 9, stirbt. Major Kusanagi erkennt, dass sie einen Fehler gemacht hat: Kuze befindet sich nicht auf Dejima, sondern in Russland, wo er Plutonium kaufen will.