Im Winter 2028 nehmen die Spannungen in New Port City zu, da Demonstrationen gegen die Interessen ausländischer Kartelle abgehalten werden. Aramaki von Section 9 schließt die Stadt nach einem Hinweis, dass eine Qhardi-Gruppe mobilisiert wird, um das Yotsubashi-Gebäude nach der Cyber-Kontamination in Harimadara vor Monaten anzugreifen. Plötzlich eröffnet das Riot Squad das Feuer auf die Bürger und sogar auf sich selbst. Kusanagi und ihr Team vermuten, dass ein selbstzerstörender Virus vom Typ Stuxnet die Ursache ist, der möglicherweise vom Terroristen "Fire Starter" freigesetzt wurde. Währenddessen tötet ein gehackter Kusanagi bei einer VIP-Zeremonie zur Feier eines Vertrags zwischen der Wassergesellschaft Kuzan und Harimada Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied mit optischer Tarnung und entkommt. In den Straßen, Batou nimmt das Cyborg-Mädchen Emma Tsuda gefangen, die das Massaker begonnen hat, aber Colonel Hozumi vom Geheimdienst der Armee will sie, um sie auf den Cyber-Virus zu testen – ein Dreierpaket aus Gehirnwäsche, Geisterinfiltration und falscher Erinnerungsbildung – aber Aramaki weigert sich. Bei der Untersuchung stellt sich heraus, dass Tsuda technischer Offizier im Kommando von Colonel Hozumi mit einem speziellen Neurochip-artigen Cyberhirn ist, das von Brinda Jr., "Scarecrow", gehackt wurde. Ishikawas Nachforschungen zeigen, dass Colonel Hozumi Harimadara, den Vizeminister und die 501 ins Visier nimmt. Auf den Docks erschießt Hozumi Tsuda, um sie zum Schweigen zu bringen, aber sie und Scarecrow's Ghosts verschmelzen mit einem Harimadara "mehrbeinigen Panzer". Als Kusanagis Team es schließlich mit Hilfe der Logicomas stoppt, platzt der Tank auf und ein Cyborg taucht auf und geht in Richtung Meer. Jedoch wird durch Kanonenfeuer von einem Kuzan-Schiff vor der Küste zerstört, ebenso wie Hozumis Hubschrauber über ihnen. Während Hozumi in Gewahrsam ist, teilt Aramaki Kusanagi mit, dass ihr jetzt vom Innenminister eine Sondervollmacht zur Untersuchung des hochrangigen Hackervirus und aller beteiligten Organisationen erteilt wurde.[17]