Togusa untersucht den Tod von Detective Naoharu Mizuki, der durch eine Explosion an einem Damm getötet wurde, während er einen Koffer mit Beinprothesen der Mermaid's Leg Corporation in der Hand hielt. [14] Togusa befragt Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied, den Leiter einer Wassergesellschaft in Kuzan, die den Damm besitzt, und auch einen Qhardi, wird jedoch aufgefordert, sich zurückzuziehen. Unterdessen wird Major Kusanagis Team aus Batou, Ishikawa, Borma, Paz und Saito gerufen, um eine Separatistenorganisation der Qhardi zu stoppen. Als sie sie erwischen, ist Kusanagi von ihren verseuchten Geistern fasziniert. Aramaki sagt, dass sie es mit einem falschen Gedächtnisvirus zu tun haben, der gleichzeitig von einem Programmierer namens "Fire Starter", dem Anführer der Qaurdi-Separatisten in Kuzan, infiltriert, gehackt und einer Gehirnwäsche unterzogen werden kann. Die gefangenen Separatisten haben alle Scylla (スクラス, Sukurasu ) Tätowierungen. [fünfzehn]Währenddessen nähert sich Kusanagi ihrem Freund Akira Hose, der auf Prothetik spezialisiert ist, aber Togusa konfrontiert Kusanagi mit ihm und weist auf einen Zusammenhang zwischen Akira, der Dammexplosion, prothetischen Verbrechen und seiner Verwicklung mit ihr hin. Kusanagi erkennt schließlich, dass Akira der Schlüssel ist, aber auch eine Marionette in einem komplexen Netz, das den japanischen Waffenhersteller Harimadara Heavy Industries, Waffenschmuggel, explosive Prothesen und die Verbreitung des Falschen-Memory-Virus umfasst. Als sie Akira schließlich konfrontiert, nimmt er sich das Leben und beendet sich selbst als Viruswirt. Batou erzählt Kusanagi später, dass er dachte, sie sei die ursprüngliche Scylla und Anführerin der Separatistenarmee, aber sie antwortet, dass sie seitdem aufgehört hat, so oft die Körper zu wechseln. Später bittet Kusanagi Togusa, ihrem Team beizutreten, auch wenn er nur ein geborener, verheirateter und Vater ist.