In Newport City ist eine Bombe explodiert und hat einen großen Waffenhändler getötet, der möglicherweise Verbindungen zur mysteriösen 501-Organisation hat. Daisuke Aramaki , der Beamte der öffentlichen Sicherheit , heuert Motoko Kusanagi mit den Ermittlungen an, aber im Fall mit ihr sind "Schlafloses Auge" Batou , der Kusanagi für einen Kriminellen hält, Detective Togusa von der Niihama-Polizei, der eine Reihe von Prostituiertenmorden untersucht, von denen er glaubt, dass sie im Zusammenhang stehen zu dem Vorfall, und Oberstleutnant Kurtz von der 501 Organisation, der auch Kusanagi im Auge behalten möchte. Kusanagi leidet unter GedächtnisverlustDas hemmt ihren Fortschritt in dem Fall und später stellt sich heraus, dass ihr falsche Erinnerungen implantiert wurden, ein Produkt eines gescheiterten "Ghost Hacks", den sie an dem mit einem Gedächtnisvirus infizierten Geldwäsche-Verschwörer Mamuro durchgeführt hatte. Als sie erkennt, dass die 501 Organisation in den Skandal verwickelt war, verlässt sie die Einheit, jetzt im legalen Besitz ihrer eigenen Körperprothese. Sie wird von Aramaki empfangen, der die Bildung einer neuen Einheit innerhalb der Öffentlichen Sicherheit vorschlägt. [10] [11]