Im Jahr 2020 tauchen mysteriöse außerirdische Lebensformen namens Pillars auf und bedrohen die Existenz der Menschheit. Als es selbst mit Atomwaffen nicht gelingt, sie zu vernichten, wissen die Führer der Welt nicht, wie sie sich wehren sollen. Plötzlich taucht ein Junge auf, der behauptet, Odin zu sein, und verspricht, der Menschheit im Kampf gegen Ragnarök zu helfen, indem er Walküren zur Verfügung stellt, die die Fähigkeit haben, die Säulen zu zerstören. Allerdings fliegen die Walküren keine modernen Düsenjäger, sondern magisch verbesserte, propellergetriebene Kampfflugzeuge. Im Jahr 2025, nach einem erfolgreichen, aber kostspieligen Angriff auf eine Säule in Europa, wird die S-Klasse Walküre Claudia nach Japan versetzt. Auf dem Weg dorthin gerät sie in einen Hinterhalt, wird aber von einer einheimischen, unerfahrenen Valkyrie-Staffel unterstützt. Später, als sie auf dem Stützpunkt Tateyama ankommt, trifft Claudia auf die Piloten, denen sie zuvor begegnet ist, Miyako, Sonoka und Azuzu, die dem 909th Valkyrie Wing angehören.