Meisterin Maka hat ihre 99. Seele gefunden. Neunundneunzigmal haben sie eine Seele ergattert, die bereits ein Kishin-Ei war, und als ein böser Dämon wiedergeboren werden sollte. Die Kishins haben die Welt schon einmal fast vernichtet und nun sind es die Schüler der "Shimigami Fachschule für Waffenhandwerk", kurz "Shibusen", die mit ihren Waffen dieser Gefahr Einhalt gebieten.