Noch immer verrichtet Polizei-Inspektorin Akane Tsunemori ihren Dienst beim Amt für Öffentliche Sicherheit – trotz der tiefen Einblicke, die sie mittlerweile ins Sibyl-System bekommen hat. Diesmal kann ihr Team einen Terroranschlag auf japanischem Boden zum Glück noch in den Vorbereitungen verhindern. Der Fall gibt dennoch Rätsel auf, denn die Täter stammen aus dem Ausland. In den Erinnerungen einer der Täter taucht außerdem ein alter Bekannter auf: Akanes ehemaliger Vollstrecker Shinya Kogami. Ganz allein macht sich die Inspektorin daraufhin auf den Weg in die von Bürgerkriegen gezeichnete South East Asia Union (SEAUn), wo auf der Insel Shambala Float das Sybil-System für den Export getestet wird. Schnell findet sie heraus: Kogami gehört nun einer Gruppe von Rebellen an, die gegen den Präsidenten kämpft …