Der zwölfjährige Naruto ist das Sorgenkind der Ninja-Akademie im Dorf Konoha-Gakure. Er hat den ganzen Tag nur Flausen im Kopf! Zudem ist er auch noch der schlechteste Schüler der Klasse. Doch Naruto hat einen Traum: Er möchte der oberste Ninja des Dorfes werden. Neben seinen Lehrern stehen ihm auch die Dorfbewohner skeptisch gegenüber. Denn in Narutos Körper ist ein Fuchsdämon gebannt, der vor zwölf Jahren das Dorf heimsuchte. Als dann aber durch die Mithilfe von Naruto ein Verbrechen verhindert werden kann, wird ihm trotz seiner schlechten Prüfungsergebnisse das Abschlusszeugnis verliehen. Als Mitglied eines Dreier-Teams wird Naruto nun Kakashi Hatake, einem erfahrenen Ober-Ninja, zugeteilt. Die beiden anderen Mitglieder des Dreier-Teams sind das Mädchen Sakura, Narutos Schwarm, und der Jahrgangsbeste Sasuke, den Naruto nicht besonders mag. Unter der Leitung von Kakashi bewältigt das Team immer schwierigere Ninja-Missionen.