Konoha wird von fliegenden Shinobi angegriffen. Doch während Kakashi Hatake, Sai, Shikamaru Nara und Shino Aburame sich aufmachen, den Stützpunkt des Feindes ausfindig zu machen, sollen Naruto Uzumaki, Sakura Haruno und Hinata Hyuuga den Arzt Shinnou und seine Schülerin Amaru in Amarus Dorf begleiten, um dort mehr über die Himmel-Shinobi herauszufinden. Doch spielt Shinnou ein falsches Spiel, da er der Anführer der fliegenden Shinobi ist. Naruto kann Shinnous Verrat an Amaru, wie auch den Angriff auf Konoha, nicht verzeihen, weshalb er den Kampf aufnimmt. Doch kriegt Naruto nach einer Weile unerwartete Hilfe von Sasuke Uchiha, der für Orochimaru etwas von Shinnou besorgen soll...