Beta ist besiegt, doch schnell wird klar, dass die Bedrohung noch nicht ausgestanden ist. Denn auf einmal wird Tokyo erneut angegriffen. Die Mitglieder der Anti-Ex-Arm-Einheit fliehen gemeinsam mit dem CEO von Schwerindustrie Iriya in den Keller des Firmensitzes. Akira entscheidet sich, gegen diesen zunächst unbekannten Feind erneut in die Schlacht zu ziehen, doch er scheint seine Grenzen endgültig erreicht zu haben.