Die Truppen der Granseed-Akademie werden von der gewaltigen Macht des Feindes überrumpelt und finden sich in einem aussichtslosen Kampf wieder. Der Anführer der Physis, Amis Germain, verfolgt das Ziel, eine neue Weltordnung zu schaffen, indem er sich die Macht der silbernen Sanduhren einverleibt. Gleichzeitig kämpfen Nemo, Shirley und Faria gegen die drei Kinder der Zerstörung, die jedoch noch ein weitaus dunkleres Geheimnis zu besitzen scheinen …