Kurz nach Ende der fünften Folge wacht Rin in Apos' Schloss am Fuße des Yggdrasil . auf, der mythische Baum, der Zeitfrüchte hervorbringt, da Apos sie regenerieren ließ, anstatt ihre Zeitfrucht zu verzehren. Sie wird dann mit einem maskierten Engel in einen Raum gesperrt und tötet ihn, nur um herauszufinden, dass es Ihika war. Währenddessen suchen Mimi und Mishio verzweifelt nach Rin und erfahren von dem Informanten, wo sich Apos' Schloss befindet. Tajimamori, ehemaliger Wächter von Yggdrasil, lädt sie in sein Schloss ein, erklärt, dass sein Sohn Apos der neue ewige Wächter werden will, indem er Rin Yggdrasil opfert, und öffnet ihnen ein Portal zu Apos' Schloss. Dort verliert Rin den Kampf gegen Laura, aber Apos macht dem Attentäter einen Strich durch die Rechnung und Rin entkommt. Als Vergeltung schließt sich Laura mit Mimi und Mishio zusammen und führt sie zu Yggdrasil. Rin ist schon da und trifft Tajimamori, ihre jahrtausendealte Liebe. Sie haben Sex, bis Apos kommt, seinen Vater tötet, und stößt Rin in Yggdrasil. Mishio versucht, Rin herauszuziehen und scheitert, aber Rin schafft es, Kokis Zeitfrucht (die Rin nach Episode vier im Meer gefunden und Mishio unwissentlich zum Schloss gebracht hat) aus ihrer Halskette zu holen. Als Yggdrasil versucht, mit ihr zu verschmelzen, verzehrt Rin Kokis Zeitfrucht und sein Geist hilft ihr, sich zu befreien. Mishio, der sich wie alle Maenos als Nachfahre von Tajimamori entpuppt hat, zieht Rin hinaus und zurück zum Schloss. Apos greift sie an, aber Rin, jetzt der neue Wächter von Yggdrasil, drängt Apos selbst hinein. Bevor er verzehrt wird, füttert sie ihn mit Tajimamori und Lauras Zeitfrüchten. Als Yggdrasil versucht, mit ihr zu verschmelzen, verzehrt Rin Kokis Zeitfrucht und sein Geist hilft ihr, sich zu befreien. Mishio, der sich wie alle Maenos als Tajimamoris Nachkomme entpuppt hat, zieht Rin hinaus und zurück zum Schloss. Apos greift sie an, aber Rin, jetzt der neue Wächter von Yggdrasil, drängt Apos selbst hinein. Bevor er verzehrt wird, füttert sie ihn mit Tajimamori und Lauras Zeitfrüchten. Als Yggdrasil versucht, mit ihr zu verschmelzen, verzehrt Rin Kokis Zeitfrucht und sein Geist hilft ihr, sich zu befreien. Mishio, der sich wie alle Maenos als Nachfahre von Tajimamori entpuppt hat, zieht Rin hinaus und zurück zum Schloss. Apos greift sie an, aber Rin, jetzt der neue Wächter von Yggdrasil, drängt Apos selbst hinein. Bevor er verzehrt wird, füttert sie ihn mit Tajimamori und Lauras Zeitfrüchten.
Im Epilog bringt Rin Tajimamoris Sohn zur Welt und lebt weiterhin mit Mimi und Mishio in Apos' Schloss. Ihre abschließende Erzählung enthüllt, dass ihr Sohn mit den Yggdrasil verbunden ist und diese Verbindung wird sich mit seinen Nachkommen in der gesamten Menschheit ausbreiten.