Die Magical Girls haben durch die Änderung in den Gesetzmäßigkeiten der Welt all ihre früheren Erinnerungen verloren und kämpfen in Mitakihara gegen Kreaturen, die aus negativen Gefühlen der Menschen geboren werden. Doch als sich Homura nach und nach ihrer fehlenden Erinnerungen bewusst wird stellt sie Nachforschungen an und findet heraus, dass sie, Madoka und die anderen Madical Girls in der alternativen Welt einer Hexe gefangen sind. Eine Hexe, die Homura nur allzu gut kennt! Bald schon kämpft sie sich alleine durch eine Welt, die Madoka zum Wohle der Menschheit hinter sich gelassen hat und in einem atemberaubenden Showdown wird das Schicksal der Magical Girls neu besiegelt. Nun wird sich zeigen, ob am Ende Hoffnung oder Verzweiflung siegt, Selbstlosigkeit oder Hass …