Der fünfjährige Sousuke wohnt irgendwo am japanischen Binnenmeer in einem Haus auf den Klippen oberhalb eines kleinen Hafenstädtchens. Seine fürsorgliche Mutter Lisa arbeitet in einem Altenpflegeheim direkt neben den Kinderhort, den Sousuke besucht. Derweil verbringt sein Vater Koichi als Schiffskapitän…mehr anzeigen
Das Goldfischmädchen Ponyo lebt in der Obhut ihres Vaters, des Meereszauberers Fujimoto. Als Ponyo allein im Meer auf Entdeckungsreise geht, verfängt sie sich in einem Einmachglas. Die beiden werden Freunde, doch Ponyos Vater sperrt sie ein.