Einst endete das Spiel gegen eine der Flügel, Rang 6 in der Exceed-Hierarchie, in einer Niederlage. Um die so geraubten Bücher der Staatsbibliothek von Elkia zurückzuerobern, machen sich Sora und seine Freunde auf den Weg zur Bibliothek. Dort werden Sora und die anderen von einem Flügel, der sich Jibril nennt, in Empfang genommen.