Japan, 2030. Die Technologie ist weit fortgeschritten, Kriminalität plagt die menschliche Gesellschaft — und hier kommt Motoko Kusanagi und die Sondereinheit von Sektion 9 ins Spiel. Bewaffnet mit der neusten Hard- und Software folgen sie dem "Laughing Man", ein mysteriöser Hacker, der schwere Computerverbrechen begangen hat. Es scheint, als ob er sich in die Gehirne von Menschen hackt und sie so zu seinen Marionetten macht. Aber wie fasst man einen so genialen Hacker, der nur ein lachendes Gesicht als Visitenkarte zurück lässt?