München im Jahr 1923: zwei Jahre nach den erschütternden Ereignissen, in denen Edward Elric seiner alchemistischen Kräfte beraubt wurde, lebt Ed nun in Deutschland. In der Hoffnung, eines Tages in seine Welt zurückkehren zu können, arbeitet er an der Erforschung von Raketen. Al sucht nach einem Weg, seinen Bruder wiederzusehen. Währenddessen versuchen Mitglieder der Thule-Gesellschaft, die Pforte zum Reich Shamballa zu öffnen.